Призрак в доспехах: Вознесение — Призрачная боль

События разворачиваются в 2027 году, через год после окончания неядерной войны. Нью-Порт Сити продолжает восстанавливаться после войны, когда внезапно подвергается бомбардировке самоходными минами. Во время расследования обнаруживается, что военный чиновник, замешанный в деле со взятками и продажей оружия, был застрелен. Глава отдела публичной безопасности Дайсукэ Арамаки сталкивается с Мотоко Кусанаги, назначенной в 501-ый секретный отдел. Бато подозревает, что в недавних событиях замешана Кусанаги, которая не пострадала при бомбардировке. Детектив полиции префектуры Тогуса расследует два дела об убийстве. Мотоко Кусанаги находится под постоянным наблюдением главы 501-го секретного отдела Куруцу и агентов-киборгов.