Евангелион нового поколения: Конец Евангелиона

После победы над последним Ангелом у «Нерв» остаётся единственный враг — люди, действующие по приказу «Зеэле». Синдзи Икари, сломленный и погружённый в апатию, оказывается перед выбором, от которого зависит судьба человечества: принять существование людей такими, какие они есть, или отказаться от человеческой индивидуальности. Тем временем Гэндо Икари готовится запустить Проект совершенствования человечества, используя Рэй Аянами и Лилит ради исполнения своей заветной мечты. «Зеэле» начинает вооружённое вторжение в штаб-квартиру «Нерв», превращая комплекс в поле боя. Пока войска методично уничтожают персонал, Аска Лэнгли Сорью вступает в отчаянный бой, пилотируя «Евангелион» модуль-02, а Мисато Кацураги ищет Синдзи в рушащемся мире, пытаясь вернуть его к решающему шагу. Фильм служит альтернативным финалом последних эпизодов «Евангелиона нового поколения», сводя личную драму героев и масштабный конфликт вокруг Проекта совершенствования человечества к одной неизбежной развязке.