Манга «В столице цветов» тематически связана с работой того же автора «Только цветок знает» и состоит из двух частей, объединённых общими героями и мотивами взросления. В разделе «В столице цветов» раскрывается юность профессора Мотохару Цудзимуры и его отношения с Акирой Хадзуми: дружба людей из разных социальных слоёв проходит испытание признанием в любви, а выбор университета и будущего превращает их связь в историю о том, что трудно сказать вслух — и ещё труднее забыть. Вторая часть, «Время, когда распускаются цветы», продолжает линию Ёити Арикавы и Сёты Мисаки, которые когда-то работали ассистентами в сельскохозяйственной лаборатории профессора Цудзимуры. Теперь они живут вместе в старом доме, доставшемся Мисаки от покойного деда, и сталкиваются с новыми напряжениями: окружающим они вынуждены казаться просто друзьями и соседями, а семейные визиты и неожиданное возвращение близких обостряют вопрос — насколько далеко можно зайти в молчании о собственных чувствах. Том также включает экстра-главу. Это камерная, внимательная к деталям история о любви, времени и выборе, где личное всегда тесно переплетено с тем, как на отношения давят ожидания семьи и общества.